Dans l'académie Cross, il y a deux classes différentes : la « Day Class », la classe de jour et la « Night Class », la classe de nuit. Les jeunes filles de la « Day Class » sont follement amoureuses des garçons de la « Night Class », tous d'une beauté irrésistible. Elles ne les connaissent que très peu, car en réalité, ces garçons sont un groupe de vampire nobles mené par leur chef Kaname Kuran, un sang-pur.

La jeune Yûki Cross et l’énigmatique Zero Kiryû sont chargés de discipline, ayant pour mission d'assurer la paix entre vampires et humains à l'académie Cross et ce dans le plus grand secret. Beaucoup de mystères entourent les vampires et leur camarade Zero, trop souvent distant. Quant à Yûki Cross, c'est une jeune fille assez sentimentale, entretenant une très grande admiration et une reconnaissance envers Kaname qui, il y a dix ans de cela, lui a sauvé la vie d'un vampire assoiffé de son sang.

Plus tard, Yûki apprend que Zero est devenu un vampire après qu'un sang-pur, Shizuka Hiô, l'ai mordu. Yûki donnera ensuite, de temps en temps, à Zero de son sang afin d'apaiser sa soif car il risque de devenir un Level E. Cependant, Yûki n'est pas au courant de tout jusqu'au jour où elle retrouve la mémoire et comprend qu'elle est en fait, la sœur de Kaname Kuran et la princesse du clan Kuran. Choqué par cette nouvelle, Zero décide d'éliminer Yûki, Kaname et tous les autres vampires. Celle-ci n'est pas surprise et lui explique qu'elle est prête à partir et à vivre avec Kaname. Puis, Kaname et Yûki partent de l'Académie accompagné de Aidô Hanabusa, Kain Akastuki et Ruka Sôen sous les yeux de Zero…